Segundo a PGR, ele é investigado na Operação Ararath pelos crimes de organização criminosa, corrupção passiva, sonegação fiscal e lavagem de dinheiro, utilizando-se, para isso, das prerrogativas decorrentes da função pública.

No recurso apresentado, a defesa pede a revogação da decisão monocrática do ministro-relator Luiz Fux, que concedeu liminar ao pedido do Ministério Público Federal (MPF) e o afastou do TCE. O agravo regimental aponta prazo excessivo de duração do afastamento cautelar e questiona a necessidade da medida. A defesa já havia apresentado outros três recursos na tentativa de suspender a eficácia da liminar. Para a PGR, todos com os mesmos argumentos, e insuficientes para impugnar a decisão do relator, razão pela qual devem ser rejeitados.

Para Raquel Dodge, existem indícios contundentes de autoria e de materialidade em relação ao envolvimento de Antônio Joaquim no esquema ilícito, o que reforça a necessidade de manutenção do afastamento como forma de preservar o curso das investigações.